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cierre de 2025, había 1,25 millones de trabajadores en España de baja médica de forma simultánea, el doble que antes de la pandemia, según el XV Informe Adecco. Solo en ese año se abrieron 9,7 millones de procesos de incapacidad temporal.

Con esas cifras, es cuestión de estadística que, en cualquier empresa con retribución flexible implantada, tarde o temprano algún empleado con productos activos (guardería, seguro médico, ticket restaurante) entre en una baja por maternidad, paternidad o IT.

Llegados a este punto, las dudas se disparan: qué pasa con esos productos durante la baja? ¿Se mantienen? ¿Los sigue pagando la empresa? ¿Hay que recalcular algo en la nómina? En definitiva, ¿qué sucede con la retribución flexible y las bajas?

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Qué pasa con la retribución flexible durante una baja

La retribución flexible se financia con parte del salario bruto del empleado. Cuando ese salario deja de pagarlo la empresa directamente (porque el pago pasa a depender de una prestación de la Seguridad Social, como ocurre en maternidad, paternidad o IT), la base sobre la que se calculan los productos de retribución flexible cambia.

Eso no significa que los productos desaparezcan automáticamente. Cada mes, el sistema registra el producto consumido como un devengo y, a la vez, resta ese mismo importe como "aportación del empleado", con signo negativo. El resultado es que no suma nada al salario en efectivo que recibe el trabajador: es una forma de pago en especie, no un ingreso adicional.

Ese mecanismo necesita una nómina activa a la que engancharse. Durante una baja, sobre todo a partir del momento en el que el sueldo deja de pagarlo la empresa y pasa a pagarlo la Seguridad Social, ya no hay ese devengo salarial ordinario contra el que hacer el ajuste.

Ejemplo

Un empleado tiene 300 € mensuales en retribución flexible, repartidos en 200 € de ticket restaurante y 100 € de seguro médico.

  • Situación: entra en una baja por IT larga y nadie revisa su configuración de retribución flexible.
  • Ticket restaurante: al ser de consumo, deja de usarse durante la baja. No genera ningún problema, porque no hay pago pendiente que gestionar.
  • Seguro médico: durante una baja, el pago de la prima del seguro de salud no se detiene. La aseguradora sigue esperando su cobro para mantener la cobertura activa, pero ese pago ya no pasa por nómina, por lo que alguien tiene que gestionarlo por separado. Si se pierde, la póliza puede quedar sin efecto.

Retribución flexible durante la baja por maternidad o paternidad

Desde el Real Decreto-ley 9/2025, publicado en el BOE el 30 de julio de 2025, el permiso por nacimiento y cuidado del menor dura 19 semanas por progenitor, ampliables a 32 en familias monoparentales. Todas las semanas están retribuidas al 100% de la base reguladora, con 6 semanas obligatorias e ininterrumpidas tras el nacimiento y el resto distribuibles hasta que el menor cumple 8 años.

Qué ocurre con los productos ya contratados

Durante el permiso, la prestación económica la paga la Seguridad Social, no la empresa directamente. Los productos de retribución flexible que dependen de un descuento mensual del salario bruto necesitan revisarse porque ya no hay nómina ordinaria de la que descontar esos importes de la misma forma.

El seguro médico suele ser el producto más delicado de gestionar en este punto: si se mantiene la cobertura mientras dura el permiso, alguien tiene que asegurarse de que la aseguradora sigue recibiendo la prima correspondiente, aunque el empleado no esté generando nómina activa en el sentido habitual.

Quién paga la parte de la empresa durante el permiso

Si la empresa tenía asumido el coste de algún beneficio con cargo salarial, como el seguro médico financiado en parte por la empresa, esa parte no desaparece por el hecho de que el empleado esté de permiso. Hay que decidir (y dejarlo por escrito) si la empresa sigue asumiendo ese coste durante las 19 semanas o si el empleado tiene que reactivarlo a su vuelta.

Retribución flexible durante una baja por incapacidad temporal (IT)

Diferencia entre IT por contingencia común y profesional

La incapacidad temporal por contingencia común (enfermedad no relacionada con el trabajo) y por contingencia profesional (accidente de trabajo o enfermedad profesional) tienen distintos porcentajes de la base reguladora según los días transcurridos. En ambos casos, el pago pasa a depender total o parcialmente de la Seguridad Social a partir de cierto punto de la baja, con la mutua o el INSS gestionando el subsidio.

Eso significa que, igual que en maternidad y paternidad, el salario bruto ordinario deja de fluir de la misma forma. Si los productos no se revisan, pueden quedarse en una situación que ya no corresponde y generar problemas después

Qué pasa con el salario bruto sobre el que se calculan los productos

La base de cotización se reduce con la retribución flexible. Y es esa base la que sirve para calcular la prestación en caso de IT, maternidad o paternidad. Si un empleado tiene una parte importante de su salario en retribución flexible cuando empieza una baja prolongada, el importe de la prestación puede ser inferior al que esperaba.

No es algo que deba mirarse solo cuando la baja ya ha comenzado. Es preferible tenerlo en cuenta antes, sobre todo en empleados con perfil de riesgo o en situaciones que puedan derivar en una ausencia larga.

Por qué gestionar esto manualmente es un problema para RRHH

Hacerlo a mano no es un error en sí mismo. El problema es que hay que repetirlo cada mes que dura la baja y se multiplica cuando hay varias bajas activas a la vez. Qué productos seguían activos, cuáles hay que pausar, cómo queda la nómina ese mes, si el seguro médico sigue teniendo la prima pagada…

En otras palabras, cuantas más bajas gestiona la empresa a la vez, más probable es que algo se quede sin revisar. Es entonces cuando empiezan a aparecer los primeros problemas: pólizas que se cae por impago, prestaciones que no llegan a su importe esperado o pérdida de coberturas.

Los errores más frecuentes al gestionar bajas con retribución flexible

  • Seguir descontando de un salario que ya no es el mismo. Si nadie ajusta la configuración, el sistema puede seguir aplicando descuentos calculados sobre el salario bruto ordinario cuando en realidad el empleado está cobrando una prestación distinta ese mes.

  • Perder la cobertura del seguro médico sin darse cuenta. Si el pago de la prima depende de un proceso manual vinculado a la nómina y esa nómina cambia de estructura durante la baja, es fácil que se produzca un impago que la aseguradora no comunique de inmediato.

  • No documentar las decisiones de los beneficios. Si la empresa decide, por ejemplo, mantener el seguro médico a su cargo durante el permiso, esa decisión tiene que quedar registrada. Sin un sistema que lo recoja, cada baja se resuelve de una forma distinta según quién la gestione.

  • Acumular errores hasta que ya es demasiado tarde. Como la revisión es manual, los desajustes suelen aflorar más tarde: en la regularización de fin de año o cuando el empleado se reincorpora y su nómina no cuadra

Cómo Coverflex automatiza la gestión de bajas y retribución flexible

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FAQs

¿Se pierde la retribución flexible durante una baja por maternidad o paternidad?

No se pierde automáticamente. Pero hay que tener en cuenta que durante el permiso es la Seguridad Social quien paga, no la empresa. La forma de gestionar los descuentos cambia y, si no se actualiza, el empleado puede encontrar problemas en su nómina o perder beneficios.

¿La retribución flexible afecta a la prestación de una baja larga?

Sí, puede afectar. La retribución flexible reduce la base de cotización y esa base es la que determina el importe de prestaciones como la IT, la maternidad o la paternidad. Por lo tanto, si el empleado tiene un porcentaje alto de retribución flexible, la prestación puede ser menor de lo esperado.

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